請求書をメールやクラウドで受け取る機会が増えるなか、電子帳簿保存法に沿った対応に迷う経理担当者は少なくありません。請求書の受け取り方によって、保存方法や守るべき要件が異なるためです。
本記事では、電子取引と紙の請求書それぞれの保存方法や保存要件、保存期間、注意点を国税庁の一問一答にもとづいて解説します。自社に合った保存ルールを把握し、実務へ落とし込む参考にしてください。
あわせて、保存ルールを整えたあとに見直したい振込業務の電子化についても紹介します。法令対応とあわせて振込作業を効率化し、毎月の転記ミスや業務負担を減らすステップとしてお役立てください。
電子帳簿保存法における請求書の保存ルール
ここでは、電子帳簿保存法の保存区分と、請求書の受け取り方による保存方法の違いを解説します。
電子帳簿保存法の3つの保存区分
電子帳簿保存法は、国税関係の帳簿や書類をデータで保存する際の要件を定めた法律です。具体的には「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3つの保存区分に体系化されています。
このうち「電子帳簿等保存」と「スキャナ保存」の適用は任意です。会計ソフトで最初から作成した帳簿書類や、紙で受け取った領収書などを電子化して管理したい場合に、所定の要件を満たして保存します。
一方、「電子取引データ保存」はすべての事業者に義務付けられています。宥恕措置が終了した令和6年1月以降は、電子で授受した請求書を所定の要件に沿ってデータのまま保存しなければなりません。
請求書は受け取り方で保存方法が変わる
請求書の保存方法は、取引先から受け取った形式によって判断します。メール添付のPDFやWebサイトからのダウンロード、クラウド経由で届いた請求書は電子取引に該当し、データのまま保存しなければなりません。
郵送など紙で届いた請求書は、従来どおり紙のままで保存しても法令上問題ありません。保管スペースを削減するために電子化したい場合は、スキャナ保存の要件を満たすことで、スキャンデータでの保存に切り替えられます。
自社が発行した請求書の控えも同様に整理できます。メールやクラウドで送信した控えは電子データとして保存し、紙で郵送・手渡しした控えは紙のままファイリングすることで、適切に管理できます。
電子で受け取った請求書の保存方法
次に、メールやクラウドなどで受け取った請求書を、データのまま保存するための要件を見ていきましょう。
電子取引に当たるケースの具体例
電子取引とは、取引情報をデータでやり取りする取引全般を指します。メールへのPDF添付やWebサイトからのダウンロード、クラウド上の請求書受領に加え、ペーパーレスFAXでの受信データも該当します。
メールで受領した場合、請求書ファイルが添付されていればそのファイルのみ保存すれば問題ありません。一方、請求金額や振込先などの取引情報がメール本文にのみ書かれている場合は、メール自体の保存が必要です。
同じ請求書をクラウドとメールの双方で受け取った際は、内容が同じならどちらか一方の保存で足ります。また、書面を正本とすることを社内で取り決めており、電子データと内容が同一であれば、書面の保存のみで対応できます。
真実性の確保｜改ざん防止の4つの措置
真実性の確保とは、保存データが改ざんされていない状態を担保することです。事業者は「タイムスタンプ付きの受取」「受取後の速やかな付与」「訂正削除履歴が残るシステム利用」「規程の運用」から1つ選びます。
専用システムの導入が難しい場合でも、国税庁が公開するサンプルをもとに「訂正及び削除の防止に関する事務処理規程」を策定・備え付けることで、追加コストをかけずに真実性の要件を満たせます。
タイムスタンプの付与期限である「速やか」とはおおむね7営業日以内を指します。タイムスタンプを付すまでの業務処理サイクルを規程で定めている場合に限り、最長2か月とおおむね7営業日以内までの延長が認められます。
なお、電子取引データに関連して改ざんなどの隠蔽・仮装が行われた場合は、重加算税が10%加重されます。真実性の確保は、形式的な要件ではなく不正防止の仕組みとして整えておくことが大切です。
可視性の確保｜画面表示・出力と検索機能
可視性の確保とは、保存データを税務調査などで速やかに確認・提示できる状態にしておく要件です。パソコンやディスプレイ、プリンタを備え付け、画面および紙面へ整然とした形式ですぐ出力できるように整えます。自社開発のシステムを使って保存する場合は、システムの概要を記載した書類の備え付けも必要です。
機器のスペックや台数に法的な規定はありません。スマートフォン取引の場合も、近隣のプリンタから速やかに出力できれば要件を満たします。専用の高額機器を揃える必要はなく、既存設備を活用できます。
あわせて、保存データを「取引年月日」「取引金額」「取引先」の3項目で検索できる状態にしなければなりません。ただし、事業規模や運用方法によって検索要件が免除される条件も用意されています。
検索要件が不要になる条件
検索機能は全事業者に必須ではなく、基準期間の売上規模などによって免除されます。基準期間（法人は通常前々事業年度、個人事業主は前々年）の売上高が5,000万円以下で、税務調査の際に調査官のデータダウンロードの求めに応じられる場合は、検索機能が不要です。
売上高が5,000万円を超える企業であっても、電子データを印刷して取引年月日や取引先ごとに整理した書面を提示・提出でき、かつデータのダウンロードの求めにも応じられる状態であれば、検索機能は不要です。
この場合、書面は税務調査が来てから作るのではなく、日頃から出力・整理しておく必要があります。また、原本データの保存義務も残ります。
税務調査時にデータのダウンロード要求に応じられる状態であれば、日付や金額の範囲指定検索や複数項目の組み合わせ検索は免除されます。その場合も3項目の単体検索ができる体制は確保が必要です。
ファイル名とフォルダで保存する例
専用システムを導入しなくても、規則的なファイル名とフォルダ分類を徹底し、データのダウンロードの求めに応じられるようにしておけば、検索要件を満たせます。国税庁の一問一答では、ファイル名に「取引年月日」「取引先」「取引金額」の3つの要素を入れる方法が例示されています。
例えば2026年10月31日にA商事から受領した11万円の請求書なら、「20261031_A商事_110000」と命名しましょう。日付表記は西暦か和暦に統一し、社内で混在させないことが重要です。
さらに取引先や年月ごとにフォルダを分けて管理し、あわせて訂正削除防止の事務処理規程を備え付けてください。高額なツールを使わずに、真実性と検索機能の両要件に対応できます。
紙で受け取った請求書の保存方法
郵送や手渡しなど紙で受領した請求書は、紙のまま保管するか電子化するかを選択可能です。ここでは、紙のまま保存できる条件と、スキャナ保存制度を活用して原本を破棄するための要件をまとめました。
紙のまま保存してよいケース
紙で受領した請求書は、原則として紙の原本のままファイリングして保存できます。電子帳簿保存法のスキャナ保存は義務ではなく任意の制度であるため、無理に電子化せず紙のまま管理しても法的に問題ありません。
取引先から紙とPDFの両方が届く場合、内容が同一で書面を正本とする社内ルールがあれば紙のみの保存で足ります。ただし、紙とデータで請求内容が一部でも異なっている場合は、両方を保存しなければなりません。
なお、電子取引で届いた請求書を印刷した紙は、法的な保存書類として認められません。紙原本として保存できるものと、電子データでの保存が義務付けられている書類は、社内で明確に区分して管理しましょう。
スキャナ保存で電子化する場合の要件
スキャナ保存は、紙の請求書をスキャンデータに置き換えて保存する制度です。税務署長への事前承認は不要化されており、スマートフォンのカメラで撮影した画像データも所定の要件を満たせば有効と認められます。
重要書類である請求書は、200dpi以上の解像度やカラー読取、受領後概ね7営業日以内の入力が求められます。加えてタイムスタンプ付与や訂正削除履歴が残るシステムでの管理、検索機能の確保が必要です。
読取後に画像と原本を見比べる同等確認を行えば、紙原本の破棄が可能です。ただし入力期限超過や要件不備のデータは保存書類とみなされず、原本破棄により青色申告の承認取消し等のリスクが生じるため注意しましょう。
請求書の保存期間は何年か
ここからは、法人と個人事業主それぞれの保存期間と、起算日の考え方を解説します。
法人の保存期間
法人が受領した請求書の保存期間は、法人税法により原則7年間と定められています。請求書を電子データとして保存する場合であっても紙と同様に扱われ、同じ年数にわたって適切に保存しなければなりません。
青色申告書を提出した事業年度に青色繰越欠損金が発生した場合は、保存期間が10年間に延長されます。起算日は請求書を受け取った日ではなく、その事業年度の確定申告書提出期限の翌日となる点に注意が必要です。
消費税の課税事業者が仕入税額控除を受けるために保存する請求書等も、7年間の保存が義務付けられています。法人の書類管理においては、原則として「一律7年以上、欠損金が生じた事業年度は10年」と整理すると安心です。
個人事業主の保存期間
個人事業主における請求書の保存期間は、書類の性質や申告区分により異なります。請求書や見積書は原則5年ですが、領収証や預金通帳などの現金預金取引等関係書類は、青色申告の場合で原則7年間の保存が必要です。
前々年の事業所得と不動産所得が300万円以下の青色申告者なら、現金関係書類も5年保存となります。保存期間は、書類を受領した日の属する年の確定申告期限にあたる、翌年3月15日の翌日からカウントします。
インボイス発行事業者として交付した適格請求書の写しや、仕入税額控除に必要な請求書等は個人事業主でも7年保存が必要です。書類ごとの分類が煩雑な場合は、すべて一律7年で保管すると判断の手間を省けます。
請求書を保存するときの注意点
請求書の適切なデータ保存を進めるにあたっては、形式的な保存ミスや管理不備に注意が必要です。実務で見落としやすい主な注意点を解説します。
印刷だけでは保存要件を満たさない
電子で受け取った請求書は、データのまま保存することが法律上の義務です。メールで届いたPDFを印刷して紙ファイルに綴じるだけの運用は、電子帳簿保存法の要件を満たしたことにはなりません。
法令の要件に沿って原本データを保存したうえで、社内確認用に印刷して紙を併用することは問題ありません。ただし、紙を出力したからといって元データを削除してしまうと法令違反になるため、必ず原本を保持します。
また、請求書の内容を確認して、その取引情報だけを自社システムに手入力し直す方法は保存と認められません。必ず受領データそのものを保存します。なお、受領したExcelやWordを内容変更なくPDFに変換して保存することは認められます。
保存場所が複数に分かれるときの管理
取引先ごとに受取手段が異なり、保存先がクラウドや共有フォルダなどに分かれるケースは一般的です。国税庁の一問一答でも、授受方法に応じて保存場所が複数に分かれること自体は認められています。
ただし、保存場所が分かれていても、税務調査時に速やかに検索・出力できる環境を維持しなければなりません。どの取引先の請求書がどこに保存されているかを一覧化し、担当者以外でも探せる状態にしておきましょう。
合理的な理由がなく保存先が無秩序に分かれていると、適正な保存方法とみなされない恐れがあります。社内トラブルや監査時の混乱を防ぐためにも、保管場所のルールをあらかじめ明確に定めておくことが大切です。
要件を満たせない場合の猶予措置と注意
システムの導入や運用体制の構築が間に合わない場合は、猶予措置の対象となる可能性があります。保存要件を満たせないことに相当の理由があると税務署長が認めた場合に適用され、事前申請の手続きは不要です。
猶予措置を適用する場合も、電子データ自体の保存と税務調査時のデータ・印刷書面の両方の提示体制が必須です。電子データを破棄して出力書面だけを保管しているケースでは、猶予措置は認められません。
対応可能な体制があるにもかかわらず意図的に要件を怠ると、青色申告の承認取消し等につながるリスクがあります。直ちに取り消されるわけではありませんが、まずは事務処理規程の整備から着実に対応を進めましょう。
請求書の保存とあわせて振込業務を効率化するなら「フリコム」
請求書の保存体制が整った後に着手したいのが、毎月発生する振込作業の効率化です。ここでは、受領した請求書PDFから振込データの作成までをシームレスにつなぐ「フリコム」の強みや導入メリットを紹介します。
なお、フリコムは振込データを作成するためのツールです。請求書の電子帳簿保存法に沿った保存は、本記事で紹介した方法で別途行ってください。
請求書の受領から支払までをまるごと効率化
フリコムは請求書PDFを取り込むだけで、振込先口座や請求金額をAIが自動で読み取るツールです。取引先ごとに書式やレイアウトが異なる請求書であっても、複数のファイルをまとめて解析できます。
解析データは一覧画面上で確認でき、万が一の誤読があっても画面上でスムーズに修正可能です。内容確認後は、全銀フォーマットに準拠した振込データをワンクリックで素早く生成・出力できます。
出力ファイルをネットバンキングに取り込めば、口座番号や金額を1件ずつ入力することなく総合振込を実行できます。アップロードから最短60秒で完了するため、転記ミスを減らし、毎月の振込作業にかかる時間を削減できます。
なお、国税庁の一問一答では、インターネットバンキングを利用した振込も電子取引に該当するとされています。振込後は、振込日・金額・振込先が分かるデータ（オンライン上の通帳や入出金明細でも可）も、電子取引データとして保存しておきましょう。
初期設定不要で導入しやすい
本ツールは振込に必要な機能に絞り込まれており、直感的な画面設計が魅力です。多機能システムにありがちな複雑なマニュアル学習や煩雑な初期設定を必要とせず、導入後すぐに実務へ適用できます。
無料トライアルの開始にクレジットカード登録は不要で、約1分の情報入力ですぐに始められます。事前の準備負担がほとんどないため、試したその日から実際の振込業務に組み込んで効果を実感できるでしょう。
日常の操作は「アップロード・内容確認・データ出力」の3ステップのみで完結します。専任の経理スタッフがいない現場や、兼任で振込業務を担当している方でも、迷うことなく安心して作業を進められます。
導入しやすい料金水準
すべてのプランで初期費用が0円に設定されており、導入ハードルが低い点も特徴です。標準的な「スタンダードプラン」は月額4,980円（税抜）で月30件までアップロードでき、超過分も1件50円（税抜）で利用できます。
仕訳データの出力や社内承認、権限設定はスタンダードプランから利用できます。毎月の請求書が多い企業には、月額29,800円（税抜）で50件までアップロードできる「プレミアムプラン」も用意されており、請求書の件数にあわせて柔軟に選べます。
月数万円程度かかることが多い外部代行に比べ、振込データ生成に特化することで低コストな運用を実現できます。なお紙の受領代行には対応していないため、請求書をPDFなど電子データで受け取ることが多い企業に向いています。
保存ルールを整えたら、次は振込作業の効率化へ。請求書PDFから振込データを自動作成できるフリコムを1ヶ月無料でお試しください。
まとめ｜電子帳簿保存法を理解して請求書の保存ルールを整えよう
電子帳簿保存法では、電子取引で受領した請求書はデータのまま、紙で受け取った請求書は紙のまま保存するのが基本です。データ保存時は真実性と可視性の要件を満たし、法定保存期間も遵守しましょう。
法令遵守の第一歩として、まずは受取経路の棚卸しと保管場所の統一、規則的なファイル名ルールの策定が欠かせません。専用システムがない場合でも、事務処理規程を備え付けることで安全に対応できます。
保存体制を整えた後は、毎月の振込業務の効率化も検討してみましょう。請求書PDFから全銀フォーマットを自動生成できる「フリコム」なら、月額4,980円（税抜）から1ヶ月無料でお試しいただけます。
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